Изследователи от Европейския институт по биоинформатика при Европейската лаборатория по молекулярна биология (EMBL-EBI) и института Wellcome Sanger идентифицираха почти 2000 бактериални вида, които обитават червата на човека и до момента не са били култивирани лабораторно. Екипът използвал набор от компютърни методи, за да анализира проби от хора от цял свят.
В доклада, който беше публикувани в сп. Nature, се подчертава, че макар и учените да се доближават до съставянето на изчерпателен списък на разпространените микроби в червата на северноамериканците и европейците, има значителен недостиг на данни от други части на света.
Човешкият стомашно-чревен тракт е дом на много видове микроби, които събирателно наричаме чревната микробиота. Въпреки пространните изследвания в тази област, изследователите продължават да работят върху идентифицирането на отделните видове микроби, които живеят в червата ни, и разбирането на въздействието им върху човешкото здраве.
„Реконструиране“ на бактерии
Има много причини, поради които някои видове микроби, които са част от чревната микробиота, са останали непознати за нас толкова време, като например ниската им численост в червата или неспособността да оцелеят извън тях. С помощта на компютърни методи изследователите успели да реконструират геномите на тези бактерии.
„Компютърните методи ни позволяват да разберем бактериите, които все още не можем да култивираме в лабораторията. Използването на метагеномика за реконструиране на бактериалните геноми е малко като да подреждаш отново стотици пъзели, след като си смесил всичките им части, без да знаеш как трябва да изглежда крайната картина и след като въобще си махнал някои части, просто за да го направиш малко по-трудно – казва Роб Фин, ръководител на група в EMBL-EBI. – Сега изследователите могат да използват набор от компютърни инструменти за допълване и в някои случаи насочване на лабораторната работа, за да разкрием нови неща в човешките черва.“
Географско
разнообразие
Проучването очертало как съставът на чревните бактерии се различава по света и колко важно е изследваните проби да отразяват това разнообразие.
„Наблюдаваме много от същите бактериални видове да се появяват в данните от европейското и северноамериканското население – продължава Фин. – Но малкото южноамерикански и африкански колекции от данни, до които имахме достъп при това изследване, разкриха значително многообразие, което не присъстваше при гореспоменатите групи. Това предполага, че събирането на сведения от недостатъчно представени популации е от съществено значение, ако желаем да получим наистина изчерпателна картина на състава на човешките черва.“
„Изследвания като настоящото ни съдействат за създаването на подробен модел на човешките черва, който в бъдеще би могъл да ни помогне по-добре да разберем човешкото здраве и болести, и даже да насочва диагностирането и лечението на стомашно-чревните заболявания“, заключава Тревър Лоули, ръководител на група в института Wellcome Sanger.
Превод от английски
Лора ПАНОВА
